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Die Durchführungsprotokolle der Alpenkonvention sind selbständige, völkerrechtliche Übereinkommen und bedürfen jeweils der Ratifizierung. Deutschland hat alle Protokolle im Jahr 2002 ratifiziert, sie sind am 18.12.2002 in Kraft getreten (siehe auch BGBl II 2002, S. 1785). Sie haben damit innerstaatliche Geltung erlangt und sind für alle staatlichen Organe verbindlich geworden. Die Exekutive und die Gerichte haben die Vorschriften der Alpenkonvention und der Protokolle grundsätzlich als im Range von Bundesrecht stehendes Recht zu beachten und anzuwenden.
Die Bestimmungen der acht Durchführungsprotokolle der Alpenkonvention finden im innerstaatlichen Recht (Bundes- und Landesrecht des Freistaates Bayern) Entsprechungen. Das innerstaatliche Recht erfüllt damit grundsätzlich die in den Durchführungsprotokollen der Alpenkonvention formulierten Anforderungen.
Unmittelbare rechtliche Wirkung können nur Regelungen in den Protokollen entfalten, die nach Inhalt, Zweck und Formulierung hinreichend genau sind und keinen weiteren Ausführungsbestimmungen bedürfen (sogenannte "self-executing"-Normen). Sofern eine Bestimmung in den Protokollen nicht unmittelbar anwendbar ist, kann sie ggf. im Rahmen der Auslegung und Anwendung des nationalen Rechts herangezogen werden. Bestimmungen in den Protokollen müssen somit etwa im Rahmen von Genehmigungsverfahren oder Umweltverträglichkeitsprüfungen berücksichtigt werden. Ein Beispiel für eine unmittelbar anwendbare Norm in den Protokollen ist etwa Artikel 14 Abs. 1 3. Tiret des Bodenschutzprotokolls, der Regelungen zu Bau und der Planierung von Skipisten enthält.
Als Arbeitshilfe für die Vollzugspraxis dienen Tabellen zu den Durchführungsprotokollen, die gemeinsam mit dem Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, Bau und Reaktorsicherheit sowie allen betroffenen Ressorts erstellt wurden. Diese geben in tabellarischer Form den wesentlichen Text der Protokolle der Alpenkonvention sowie deren Entsprechung im deutschen und bayerischen Recht wieder.
Das Protokoll über die „Beilegung von Streitigkeiten“ enthält Bestimmungen über die Bildung des Schiedsgerichts und regelt das Prozedere in einem Streitfall. Von einer synoptischen Darstellung wurde bei diesem Protokoll abgesehen.